雷之国，云隐村
木叶一行人抵达这里，来到海边，坐上一条小船。
在船上他们一行人就会被带往龟岛。
鸣人很兴奋，跟着大和队长一起出任务。卡卡西骗鸣人过来是调查岛上的生物报告。
他已经很久没有做任务了，上次的尾兽暴走之后，就没有机会出任务。
卡卡西老师当上火影之后，就没有机会组成小队，小樱成为了医疗部的部长，作为静音大力推荐的人，纲手的关门弟子，第七代火影旗木卡卡西的学生，加上本身精湛的医疗忍术，她成为部长没有人有意见。
左井被安排在暗部做分队长，作为前暗部队长大和的学生，他对于这个职位还是可以胜任的。虽然对比前辈来说他的实力稍微差了些。无论这么说左井还是有上忍的实力的。
鸣人之前跟着自来也出去旅行，算是散心了。随着宇智波斑的复活，忍界的局势变得恶劣，自来也不敢带着鸣人乱跑，就带回木叶保护。
前往云忍的地盘躲藏，木叶的高层的考虑除了在大海上隐蔽也有祸水东引的意思。实在不行，就御敌在木叶之外。
鸣人在上岛，沐轲在做实验，
音忍村大蛇丸的秘密基地里，人体经络计划最后的难题，直接吸收自然能量的体内经络图，实验体就是原来鹰小队的成员重吾。
他本身的天赋异禀，可以直接用人体吸收自然能量，沐轲写信给达鲁尹就把他换过来了，对于重吾这个囚犯，云忍一直都只是关在监牢里。
他的咒印对于云忍来说威力不大，后遗症还多，一不小心还会失控。属于食之无味弃之可惜的忍术。趁这个机会让沐轲欠一个人情，得到一个影级强者的友谊是惠而不费的事情，以后即使两个村子对战，可以少死好多人。
对于没有仙术传承的忍村，重吾没什么用。对于有仙术传承的忍者来说，重吾就有价值了。大蛇丸不是因此发明出咒印，让他获得不死之身，只有咒印还在大蛇丸就可以一直复活。堪称忍界伏地魔。
有仙术传承的人在忍界就只有三忍而已，所以说没有废物，就看在谁的手上，怎么用。
沐轲和大蛇丸在今天就终于找到了一条完整的回路，这样的自然能量就可以在这条回路上循环，向查克拉一样可以直接使用，弊端也跟查克拉很像，不能存储。现提现用，没有查克拉之后忍术全废，需要重新结构忍术，把他用自然能量用出来。
自然能量不需要查克拉，却需要精神力量，只是剔除了身体能量。无法无限使用。从使用的威力上和查克拉差不多，查克拉在控制上会更好用一些。
在大蛇丸看来这个实验出来的结果算是失败了，创造出来的方法还没有普通的查克拉好用。
沐轲自然知道大蛇丸的看法，没有大筒木一族，这个自然能量使用的确是挺鸡肋的，唯一的好处是用作体术，身体在自然能量的覆盖下，身体的硬度变得非常的高。
在忍界之中，沐轲的肉体强度甚至可以和雷影媲美，雷影是通过不断的用电刺激肉体来实现的肉体刺激，这种方法在前期很好，到了后期肉体进入衰退期，实力会腰斩，衰老的速度也比普通的忍者快。
只要坚持使用自然能量对肉体的强度的补益，沐轲会成为忍界一个打不死的忍者。任何的刀剑对他来说都是没用的武器，即使是现代武器也可以硬抗。
这等于是重新开始开辟另一条道路，大蛇丸对此不感兴趣。他的目标是长生不死，在忍界这个地方对灵魂的管制不严格的地方，是完全可以的。
“实验已经成功，后面的实验还需要更多的时间才会得到更多的线路，就放给实验人员做吧。我们开始另一个实验，你说的白绝是不是真的很好用。我们去抓几个回来，我等不及了，世间上居然有这么好的肉体，感觉我的身体都开始起排斥反应了。”
“漩涡一族的死神面具已经带回来了，等白绝的身体一搞到手，大蛇丸前辈就可以进行不尸转生了。”
大蛇丸这具身体也快到崩溃的边缘了，之前宇智波鼬对宇智波左助身上的咒印进行封印，对大蛇丸的灵魂伤害一直都还残留，后面即使大蛇丸把灵魂养回来了，身体也逐渐开始崩溃了。
沐轲的建议正好符合大蛇丸的心意，用这具身体释放因为尸鬼转生而被吸进死神肚子的灵魂，里面有三代火影和四代火影，尤其是四代火影肚子里有一半九尾的力量，这可是一个强大的助力。
本来还想召回药师兜，沐轲看见他在孤儿院做院长做的很开心，就打消了念头。药师兜去孤儿院，医疗部还是很不舍得的，认为是浪费了人才。
药师兜在医疗忍术上的天赋比他忍术的天赋强多了，在医疗部成为小樱重要的助手，小樱作为纲手的关门弟子，还是在药师兜的身上学到很多新奇的医疗手段和观念。
这些都来自于大蛇丸和药师兜一直对人体的研究，这些东西对木叶医疗部的技术产生了极大的推动作用。
在把自己的技术教会给小樱后，他就主动提出去孤儿院当院长，原来的院长药师野乃宇死后，孤儿院一直处于无人看管的地方，完全是靠这些孤儿自己的努力生存。
在沐轲当警务部长的时候，斩断了团藏根部的手伸向孤儿院，这样孤儿院的孤儿不会被根部调去做残酷的培养，坏处也导致孤儿院的资金断裂。
警务部也因此成为了孤儿院的上级部门，专门为警务部培养新血。院长的人选却一直空缺下来。
药师兜会木叶后，经常会去孤儿院看望孤儿，他以前的认识的孤儿，几乎都死了。团藏的根部对孤儿的需求是很大的，又是残酷的养蛊式培养，同期培养的人才只留下最强的几个人。
根部的忍者在国外一直都是执行最危险的任务，被发现的结果只有死，在忍界这个弱肉强食的世界生存，拼尽全力也不一定可以生存下来。
药师兜在根部时也是一直执行最危险的情报工作，一直完美执行，最后却要被团藏安排杀掉，药师野乃宇死在刺杀药师兜的工作中，不得不说轮人性之黑暗，团藏一定排在第一。
为了自己的权力欲，牺牲这么多无辜的人，最后还要包装自己，是为了木叶，团藏是沐轲见过的人之中最虚伪的家伙。
药师兜就是知道在院长药师野乃宇死后，没有人接手孤儿院的工作，他才会在结束医疗部的工作后，马上申请过来成为孤儿院的院长。
自从孤儿院被药师兜接手后，孤儿们的笑容也多了。起码在孤儿院这里获得了些许温暖，有些温暖可以支撑一些人一辈子，哪怕以后吃再多的苦。
雨之国，也有一个孤儿。以前她还有同伴，现在的她完全变成了一个孤家寡人。
她认为自己生活对她已经失去了意义，弥彦为了救她而死，长门也被抓走。宇智波斑毁灭岩忍村的消息传过来时，她就明白长门应该是死了。
雨隐村晓的天使小南，她身上的纸片熊熊燃烧，这是她的复仇之火。她在历经半个月的寻找，终于在之前面具男的一个据点找到了宇智波三人。
小南的实力是有的，只是她对面的人是超越时代的强者，或许曾经的宇智波带土会被小南逼着废掉一只眼来逃脱小南的同归于尽的起爆符之海。
现在的宇智波斑只是简单的忍术也让小南无法抵抗，纸片再防火，也有被燃烧起来的时候，只要温度够高。
宇智波斑的火遁，宇智波左助的黑炎，都不是小南可以抵挡的火焰，在冒起熊熊火焰之后，小南点燃了一万亿的起爆符，不再是长时间的爆炸，而是同时爆炸，宇智波带土的神威空间根本不敢打开，这些起爆符也会被神威空间卷进去。
三个宇智波被小南用最后的生命之火，点燃的复仇之火，烧的遍体鳞伤。三个狼狈的宇智波都不同程度的受伤了。
小南的爆炸比迪达拉的自爆更加勐烈，在最勐烈的一瞬，被逼无奈的宇智波带土带着两人进入神威空间，卷进去的起爆符让三个人避无可避。
三个人在小南死后，都有些心有余季，即使强如宇智波斑，面对敌人的决死攻击，也是只能暂避锋芒的。
两个玩弄人性的大师，尝到了苦果。宇智波左助看见失去一切的女性，那种癫狂。从小到大都被女性簇拥的他，第一次感受到女性的力量，不由自主的想，香磷会不会在他抛弃她之后也会这样找他复仇。
小南死了，雨之国的孤儿三人组，终于在这一刻在另一个世界团聚。晓组织正式灭亡。死之前，忍界弱肉强食，死之后，忍界依旧如此。一代代的忍者所追求的和平并没有到来，受到战争伤害的平民也依旧还要继续生存下去。
小南只是一个短暂的插曲，宇智波三人还要继续他们的计划。五尾人柱力的死亡对于想复活完美状态的十尾来说的确是一个麻烦，但是在五尾人柱力死之前，已经抽取了一点查克拉，只要有五尾的查克拉，还是可以继续复活十尾，只不过不能达到完美的状态。
原来的时空的中，十尾复活用的只是金角银角的九尾查克拉。现在也一样，宇智波斑可不会为了等待五尾的复活，等待几年的时间。
宇智波斑不要完美状态的十尾，那接下来就只剩下八尾和九尾，宇智波三人在养好伤后，就开始向云隐村进发。
宇智波三人的动向已经成为忍界的焦点，他们三个人的动向也被各国的情报部门掌握。
宇智波三人朝着云隐村的方向走，各个大国开始活动起来。这次云隐村和木叶的想法都是一样的，要把敌人拦截在国门之外，他们已经选好了决战的地点，就在火之国和雷之国之间，没错，又是在小国的国土上战斗。
大国之间的战争在小国上决战，大国为忍界拼命，也在小国的地盘上。他们选择的战场就在霜之国和汤之国。
既然决定在此决战，五影开始对这两个国家的大名下达疏散国民的命令，两个小国的大名也是无奈又无力，只能乖乖的选择照做。
这两个国家的国民很少，本身就是小国寡民，疏散的速度也很快。两个国家的人民安排他们南下进入火之国暂时躲避。这次的忍者联军总部则安排在雷之国，在众人的一直推举下雷影成为忍者联军的总指挥。
首先是忍者联军第一部队，第一部队由擅长中距离战斗的忍者们组成，主力是擅长武器和暗器的忍者们，第一部队队长是堪称雷影左右手的达鲁尹。
第二部队是擅长近身战的忍者的部队，这部人忍者是忍者联军战斗在最前线的忍者，第二部队中我们比较熟知的就是日向雏田还有宁次这些忍者，他们擅长近身战，联军队长是新一代土影黑土。
第三部队是中短距离支援部队，这支队伍中的忍者都是兼备体力和速度的忍者，队长是第七代火影旗木卡卡西。
第四部队是远距离支援部队，主要任务是负责密切配合情报部队并且支援前线的战斗，同时肩负着保护后方支援部队的任务，队长是风影我爱罗。
第五部队是使用特殊忍术和攻击方法的战斗特别部队，这支部队主要是拥有秘传忍术的忍者们，比如说油女一族，还有就是来自于铁之国的武士们，这支队伍的战斗方式非常特殊，主要任务就是处理忍界大战中可能出现的各种问题，队长是铁之国的三船。
除了这五支部队之外，还有其他的部队，比如说奇袭部队，队长是砂隐村的勘九郎。
医疗后勤部队在忍者联军中也是非常重要的一支队伍，静音则是这支队伍的指挥官，在战争之中，医疗部队除了负责治疗伤员之外，还负责管理整个忍者联军的粮食，可以说是非常重要的岗位，而小樱也属于医疗后勤部队的一员。
情报部队的队长是山中一族的族长山中亥一，在战争之中，情报可以说是非常重要，如果说奈良鹿久是忍者联军的大脑，那么山中亥一就是忍者联军的神经脉络，忍者联军通过山中亥一将情报传达给其他部队。